Nagu paljudele teistelegi koolidele, pani Palupera koolile aluse 1765. aasta koolipatent, mis nõudis igasse kihelkonda kooli asutamist.
Olemasolevate andmete põhjal alustas kool tegevust 1776. aastal. Koolide katsumisel 1786. aastal leitakse Otepää vallas töötamas 12 kooli, nende hulgas ka Palupera kool (Oesce-Veski). Kahjuks on tollase kooli asukoht teadmata. Aastatel 1911–1917 mitmel aastal koolitööd ei toimunud (segased ajad, puudus õpetaja). Alates 1917. aastast töötas kool pidevalt valla idaservas, Otepää valla piiril.
1930. aastal arutati korduvalt koolimaja halba seisukorda ja peeti vajalikuks leida koolile uued ruumid. Pikkade vaidluste tulemusena otsustati kooli ületoomine Palupera mõisahoonesse, mille tollane Põllumajandusministeerium andis vallale tasuta. 10. septembril 1933. aastal algas 12 hobuvankril oleva koolivara kolimine Koolitarest Palupera mõisa härrastemajja. 17. septembril toimus avapidu. 18. septembril alustasid 33 väikest paluperalast koolijuhataja Leida Miksi õpetamisel õppetööd Tartumaa Palupera Algkoolis.
Erinevatel aegadel on kool kandnud erinevaid nimesid: Palupera Algkool, Palupera Mittetäielik Keskkool, Palupera 8-klassiline kool, Palupera 9-klassiline kool. Praegusel ajahetkel töötab kool Palupera Põhikooli nime all.
Palupera koolil on olnud paremaid ja halvemaid päevi nii nagu hariduselus ikka. Õpilaste arv on olnud läbiaegade paarikümnest kuni 160-ni. Koolikroonikas mäletavad vilistlased oma õpetajaid – koolitöötajaid energiliste ja nõudlikena. Sagedasteks sõnadeks on: armas maja, hea kord, toredad inimesed.
Koolijuhid ja direktorid läbi aegade:
| Leida Miks | 1917 – 1944 |
| Johannes Miks | 1944 – 1956 |
| Alide Sirol | 1956 – 1964 |
| Helju Karu | 1964 – 1982 |
| Ove Karu | 1982 – 1987 |
| Maire Rebane | 1987 – 1988 |
| Kalle Viira | 1988 – 1989 |
| Leo Tulev | 1989 – 1997 |
| Maire Lemberg | 1997 – 2007 |
| Svetlana Variku | 2007 – |
